产品介绍

百创S1000(BMKMANU S1000)是由9001诚信金沙设计并研发而来的基于微孔微珠上Spatial Barcode实现对组织切片mRNA分子捕获的亚细胞级空间转录组芯片。百创S1000可以广泛应用于生物器官发育、神经科学、免疫感染、胁迫应激、生物遗传进化等生命科学领域的研究。

百创S1000优势

亚细胞分辨率

哺乳动物体细胞平均直径为10μm,百创S1000空间转录芯片分辨率达到了4.8μm,到达亚细胞级别。

多级分辨率调整

百创S1000空间转录芯片结果支持从100μm-4.8μm动态调整。

保留HE染色

百创S1000空间转录芯片保留原片HE染色,结合高分辨率的spots聚类,能得到更为精准的结果。

捕获区域灵活定制

百创S1000空间转录芯片支持1-8个捕获区域的灵活订制。

更好兼容Nanopore三代数据

Nanopore有效拆分了接近50%。

Nmuber of Reads Number of Base Reads with Valid Barcode Bases with Valid Barcodes N50 Bases Mapped to Transcriptome And with Valid Barcode
105,553,898 70,516,281,320 73.85% 73.42% 740 49.55%

 

二代与三代数据的UMI/Gene counts per spot的相关性还是tSEN/UMAP的降维聚类,都显示具有非常高的一致性。这充分说明百创S1000-Nanopore全长转录组产品完全可以独立进行数据的拆分与挖掘分析,无需依赖NGS数据的校正。

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UMI counts per spot
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Gene counts per spot

技术原理

在6.8mm * 6.8mm的捕获区域内有约220万个直径2.5μm的微孔,将布满oligo(R1+Spatial Barcode+UMI+poly(dT)VN)直径2.5μm的微球随机嵌入到微孔之中,形成阵列,相邻两个微珠的中心距离为4.8μm。Spatial barcode 种类有为5600万种,提供了更为长的sptail barcode长度,约为70bp,这能更好的兼容三代测序,能大幅提高nanopore数据的BC识别效率。

技术流程

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百创S1000部分实测数据

实例一:大鼠胚胎组织

百创S1000分辨率最高可达到4.8µm,相比目前主流空间转录组测序芯片精度提高了近400倍,高分辨率下HE染色组织形态学与spots聚类空间分布图重合度更高,可以更加精准识别空间基因表达的异质性和组织区域的特异性。

 

百创S1000芯片spot直径为2.5μm, 可针对组织亚群在多级分辨率下再聚类分群,高分辨率下组织区域聚类结果增多。

实例二:百创S1000-Nanopore三代全长

可变剪切分析

融合基因分析

实例三:百创S1000在不同样本中的实测结果

经过不断地研发测试,百创S1000以完成多项样本测试,实测数据也表明百创S1000在广泛样本上都拥有较好的表现。

产品组成

产品主要由三套试剂盒组成:

  • (1)组织透化试剂盒
  • (2)基因表达试剂盒
  • (3)芯片试剂盒

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