Small RNA测序

研究RNA功能及调控机制的有力工具

产品介绍

 

Small RNA(sRNA)在细胞内具有多种重要的调节作用,主要通过miRNA与靶mRNA特异性结合调控靶mRNA的表达,从而参与许多生命过程,如细胞增殖、 细胞凋亡、脂肪代谢和细胞分化等。Small RNA(sRNA)测序是利用illumina测序平台检测已知和未知miRNA的表达水平及其表达差异,结合同一样本的转录组测序数据进行联合分析,可以同时分析miRNA及其靶基因的表达情况,为研究RNA的功能及调控机制提供有力的工具。

miRNA鉴定

miRNA转录起始位点多位于基因间隔区、内含子以及编码序列的反向互补序列上,其前体具有标志性的发夹结构,成熟体的形成是由Dicer/DCL酶的剪切实现的。对于已知miRNA的鉴定,我们将比对上参考基因组的reads序列与已知miRNA数据库miRBase(v22)中的成熟miRNA序列进行比对。针对miRNA的生物特征,对于未鉴定到已知miRNA的序列,9001诚信金沙利用miRDeep2软件进行新miRNA的预测。

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基因表达水平分析

利用转录组数据检测基因表达具有较高的灵敏度。通过TPM密度图不仅可以反映单个样品miRNA的整体表达模式和离散程度,还可以直观的比较不同样品的整体基因表达水平差异。

差异表达miRNA聚类分析

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的基因聚集成类,从而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能,同类基因可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。对筛选出的差异表达miRNA做层次聚类分析,将具有相同或相似表达行为的miRNA进行聚类。

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差异miRNA靶基因注释

生物体内,在特定条件下某些基因对应的转录本会形成miRNA前体,失去编码功能,或者通过种子区域与目的基因进行互补结合,导致基因的表达受到抑制或降解,从而影响生物学表型。因此,针对miRNA的靶基因分别进行GO和KEGG注释及富集分析,有助于深入挖掘小RNA功能。

 专业项目方案设计 深度解析数据

从选材到后续研究内容相关信息的挖掘,整个流程严谨进行,全程跟踪。

  • 实验设计

  • RNA提取

  • 建库测序

  • 数据分析

  • 售后答疑

个性化分析8小时云交付,项目进展透明化,尽享体验!

实时追踪项目进展,一切动向尽在掌握。

意见直接反馈项目经理,高效解决。

可对在线项目各维度的服务进行评价。

50+项目分析人员

深度数据挖掘

丰富的项目分析案例

优化的交互式报告

多年项目分析经验

专业而热情的售后服务

三个分布式集群服务器

闪电般的分析速度

成功案例

公司成立多年以来,拥有丰富的项目分析经验,累计完成1千多个样品的sRNA项目研究,物种涉及广泛,包括人鼠、动物、植物常见的组织部为及细胞样本。可根据项目需要选择方案,保障结果精准。

Q1. sRNA测序对于样本有什么要求?

答:sRNA测序产品可以对动植物、全血、细胞等组织或者核酸样本进行测序,分析要求需要有对应物种的参考基因组,具体的送样指导,请参考如下内容:

Q2. 如何进行动植物的miRNA的靶基因预测?

答:植物miRNA可与mRNA的编码区完全互补配对,并通过诱导mRNA降解而发挥抑制表达的作用。动物miRNA则可与mRNA的3’UTR区部分互补配对结合,进而抑制翻译的进行,一般的,miRNA与mRNA的配对区域位于miRNA的5’端的 2-8个碱基,称为种子区,只要种子区能与mRNA互补配对即可发挥作用,这也是一个miNRA能够调控数百条mRNA的原因。
我们根据已知miRNA和新预测的miRNA与对应物种的基因序列信息,植物用 TargetFinder软件进行靶基因预测;动物用miRanda和targetscan进行靶基因预测。

Q3. 目前对于小RNA靶基因的结果验证方法有哪些?

答:
RT-PCR对miRNA进行定量验证;
miRNA过表达;
荧光素酶法,过表达miRNA测定靶基因表达量;把靶基因连上一个荧光素酶,如果靶基因表达量下降,可检测到的荧光信号则减弱
降解组测序

Q4. miRNA命名规则是怎样的?

答:
参照miRBase的命名规则:{物种名缩写}-miR-{编号};miR-前缀后面所跟着的数字,代表命名的顺序,比如,miR-124比miR-456发现得早。“miR-”代表成熟的miRNA、“mir-”代表pre-miRNA和pri-miRNA、“MIR”代表编码miRNA的基因。
miRNA几乎全是独一的编码顺序,但对于拥有一两个碱基不同的则会被标上字母以示,例如,miR-124a与miR-124b。 若成熟的miRNA相同,但pre-miRNA和pri-miRNA和编码他们的基因来自于不同的基因组,则使用数字来表示,例如,mir-194-1和mir-194-2表示两个pre-, pri-miRNA剪切后的成熟miRNA是完全相同的,但却是两个不同的来源。
前缀的三个字母代表了不同的种族来源,例如,hsa-miR-194代表miRNA来源于人类,oar-miR-124来源于绵羊。
对于形成pre-,pri-miRNA茎环的两端miRNA, 通常一端在数量上远远超过另一端。数量优势的一端往往称为guide strand,而另一端被称为passenger strand,通常被大量降解,用*号来表示,例如miR-124和miR-124*。
最新版中miRBase已经不再使用*来标记microRNA与其发夹前体互补配对位置的互补序列,而是使用“-3p”与“-5p”作为区分这两条序列的后缀替代旧的的命名法。(参考http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml)
举例: aly-miR158b-3p, aly 代表这是Arabidopsis lyrata 物种的miRNA, -miR158b表示这是成熟的miRNA , 其中b表示还有一个miRNA序列与它相似,仅有一两个碱基不同。 -3p 表示它从前体的3’端剪切得到。
对新预测的miRNA 我们统一用 novel_miR_{数字编号} 来命名, 如 novel_miR_4974。

Q5. 如何进行动植物的miRNA鉴定

答:
在已知miRNA鉴定方面,我们将比对到参考基因组的reads与miRBase(v22)数据库中的已知miRNA的成熟序列及其上游2nt与下游5nt的范围进行比对,最多允许一个错配,这样鉴定到的reads被认为是鉴定到的已知miRNA。
miRNA转录起始位点多位于基因间隔区、内含子以及编码序列的反向互补序列上,其前体具有标志性的发夹结构,成熟体的形成是由Dicer/DCL酶的剪切实现的。针对miRNA的生物特征,对于未鉴定到已知miRNA的序列,9001诚信金沙利用miRDeep2软件进行新miRNA的预测。
我们利用miRDeep2软件包,通过reads比对到基因组上的位置信息得到可能的前体序列,基于reads在前体序列上的分布信息(基于miRNA产生特点,mature,star,loop)及前体结构能量信息(RNAfold randfold)采用贝叶斯模型经打分最终实现新miRNA的预测。miRDeep2主要用于动物miRNA的预测,通过参数的调整及打分系统的改变也可以对植物的miRNA进行预测。

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