LncRNA测序

产品介绍

长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。利用新一代高通量测序技术进行lncRNA测序,并结合生物信息学的预测工具进行lncRNA分析,有助于科研工作者更快发现那些具有重要调控功能的lncRNA,分析其与特定生物学过程的关系。该方法可以更加高效地获取lncRNA序列以及位置信息,且突破了常规lncRNA芯片检测技术的使用范围限制,还可对新的lncRNA进行预测及功能分析,极大促进lncRNA的深入研究。

结果展示

lncRNA预测

lncRNA的预测包含基本筛选和潜在编码能力筛选两部分。9001诚信金沙综合目前应用广泛的编码潜能分析方法对候选lncRNA进行进一步的筛选,主要包括:CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白结构域分析四种方法,目前采取逐级筛选的方法,最终鉴定得到的noncding transcripts用于后续lncRNA分析。为直观展示分析结果,将4种分析软件逐级筛选后的lncRNA进行统计,做维恩图。

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lncRNA分类

经过四种软件预测筛选后,对最终得到lncRNA种类及占比情况进行统计,根据lncRNA相对于附近编码基因的位置将其分为lincRNA、Antisense-lncRNA、Intronic-lncRNA、sense_lncRNA这4类lncRNA,这些lncRNA对编码基因的调控方式不同。lincRNA更可能通过顺式方式干扰转录。Antisense-lncRNA可能在转录水平调控基因表达。

差异表达lncRNA靶基因富集

在生物体内,不同的基因产物相互协调来行使生物学功能,对差异表达lncRNA反式靶基因的注释分析有助于进一步解读基因的功能。KEGG数据库是关于Pathway的主要公共数据库,GO数据库分类总结了基因的生物学功能,对差异表达lncRNA靶基因在KEGG、GO数据库中的注释结果进行富集分析。

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lncRNA与mRNA差异表达交互式分析

lncRNA与mRNA在不同比对分析组合中的表达情况间接的表现了lncRNA和mRNA在某一生物时间段的表达关系,对差异表达lncRNA和mRNA表达量和在染色体上的分布的交互式分析,绘制相应的火山图和MA图。

成功案例

公司成立多年以来,拥有丰富的项目分析经验,累计完成1千多个样品的lncRNA项目研究,物种涉及广泛,包括人鼠、动物、植物常见的组织部为及细胞样本。可根据项目需要选择方案,保障结果精准。

LncRNA测序对于样本有什么要求?

答:LncRNA测序产品可以对动植物、全血、细胞等组织或者核酸样本进行测序,分析要求需要有对应物种的参考基因组,具体的送样指导,请参考如下内容:

LncRNA有哪些主要功能?

答:LncRNA的主要功能有:干扰下游基因的表达;干扰mRNA的剪切,形成不同的剪切形式;与编码蛋白基因的转录本形成互补双链,在Dicer酶的作用下产生内源性siRNA;作为小分子RNA(如miRNA、piRNA)的前体分子。

Q3.如何进行LncRNA的鉴定?

答:lncRNA的预测包含基本筛选和潜在编码能力筛选两部分。
(1)筛选长度≥200bp,Exon个数≥2,FPKM≥0.1的转录本序列进行后续编码潜能预测;
(2) 应用主流的CPC分析、CNCI分析、CPAT分析、pfam蛋白结构域分析四种方法对基本筛选获得的转录本进行编码潜能预测,保留不具编码潜能的转录本序列,四种方法取交集即为最后预测出的LncRNA。

Q4.如何对lncRNA进行靶基因预测?

答:基于lncRNA与其靶基因的作用方式,我们采用2种预测方法进行lncRNA的顺式靶基因和反式靶基因进行预测:
第一种,lncRNA调控其邻近基因的表达,主要根据lncRNA与gene的位置关系预测,lncRNA 100kb范围内的邻近基因为其顺式靶基因;
第二种,当样本数目比较多时,通过样本间 lncRNA 与 mRNA 的表达量相关性分析方法来预测 lncRNA的反式靶基因。

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从选材到后续研究内容相关信息的挖掘,整个流程严谨进行,全程跟踪。

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