CircRNA测序

产品介绍

 

环状RNA(circRNA)是一类特殊的非编码RNA分子,也是RNA领域新的研究热点。与传统的线性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封闭环状结构,不受RNA外切酶影响,表达更稳定,不易降解。近几年的研究表明,circRNA在生物的生长发育、对外界环境的抵御等方面具有重要的调控作用。CircRNA功能众多,可作为miRNA的海绵,竞争性结合miRNA,发挥ceRNA的调控功能,调控基因表达。近年来还发现与疾病的发生和发展密切相关,在疾病诊断标记物等方向具有很大的应用前景。

 

分析内容

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多种标准化和个性化分析

标准数据分析:与参考基因组对比、circRNA来源基因分析、预测circRNA、circRNA表达水平分析

高级数据分析:circRNA-miRNA互作分析、互作网络图绘制、ceRNA分析、WGCNA分析

结果展示

circos分析

我们会对CircRNA在基因组上的分布作统计分析,并用circos图呈现出各个样品CircRNA表达量。circos图清晰展示出不同样品某位点环状RNA剪接稳点的数量及junction reads覆盖深度。

差异CircRNA来源基因注释

生物体内,在特定条件下某些基因对应的转录本会形成环状RNA,失去编码功能,从而影响生物学表型。因此,针对circRNA的来源基因分别进行GO和KEGG注释及富集分析,有助于深入挖掘circRNA功能。

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CircRNA预测

9001诚信金沙综合目前应用最广泛的CircRNA预测软件对环状RNA成环的剪接位点进行预测,候选CircRNA的剪接位点两侧存在GU/AG。相同染色体上来源基因起止位点相同即为同一CircRNA。多个样品取并集得到的所有CircRNA用于后续分析。并且将CircAtlas数据库作为ircBase数据库的补充,使常见物种的已知circRNA鉴定的结果更加完善,更加丰富。

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差异CircRNA聚类分析

聚类分析用于判断差异基因在不同实验条件下的表达模式,可通过将表达模式相同或相近的基因聚集成类,从而识别未知基因的功能或已知基因的未知功能,同类基因可能具有相似的功能或共同参与同一代谢过程。对筛选出的差异表达CircRNA做层次聚类分析,将具有相同或相似表达行为的CircRNA进行聚类。

 成功案例

公司成立多年以来,拥有丰富的项目分析经验,累计完成近千个样品的circRNA项目研究,物种涉及广泛,包括人鼠、动物、植物常见的组织部为及细胞样本。可根据项目需要选择方案,保障结果精准。

常见问题

没有参考基因组是否能做CircRNA呢?

答:在CircRNA预测时,测序clean reads需要与参考基因组比对,得到准确的成环剪接位点(breakpoint);如果没有参考基因组或者只有无参转录组得到的Unigene,可能会由于拼接错误等造成CircRNA预测不准确,所以为了得到准确的分析结果,需要选择有参考基因组物种进行分析。

CircRNA的成环机制都有哪些?

答:CircRNA的成环机制有:套索驱动的环化;内含子配对驱动的环化;内含子环化;RBP或一类反式因子驱动的环化;可变剪接引起的环化。

circRNA测序对于样本有什么要求?

答:circRNA测序产品可以对动植物、全血、细胞等组织或者核酸样本进行测序,分析要求需要有对应物种的参考基因组,具体的送样指导,请参考如下内容:

circRNA主要的作用机制?

1、作为miRNA分子的海绵 ,circRNA含有大量的miRNA结合位点,具有miRNA海绵作用,进而间接调控miRNA下游靶基因的表达。
2、circRNA调控其亲本基因的表达,circRNA在转录后和基因表达调控中起着举足轻重的作用。已有结果表明,circRNA可以增强其亲本基因的转录。
3、circRNA与RNA结合蛋白互作,些环状RNA上有一个或者多个RNA结合蛋白的结合位点,可作为蛋白分子的海绵体。
4、编码功能 ,circRNA虽然属于非编码RNA,但是也有少数circRNA可以编码多肽,通过编码多肽行使调控功能。

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